Index

A

a (skelly_sim.skelly_config.EllipsoidalPeriphery attribute)

abs_err (skelly_sim.reader.StreamlinesRequest attribute) adaptive_timestep_flag (skelly_sim.skelly_config.Params attribute)

B

b (skelly_sim.skelly_config.EllipsoidalPeriphery attribute) back_integrate (skelly_sim.reader.StreamlinesRequest attribute) bending_rigidity (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute) (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute)

bodies (skelly_sim.skelly_config.Config attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigEllipsoidal attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigRevolution attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigSpherical attribute) Body (class in skelly_sim.skelly_config)

C

c (skelly_sim.skelly_config.EllipsoidalPeriphery attribute) Config (class in skelly_sim.skelly_config) config_data (skelly_sim.reader.Listener attribute) (skelly_sim.reader.TrajectoryReader attribute)

ConfigEllipsoidal (class in skelly_sim.skelly_config) ConfigRevolution (class in skelly_sim.skelly_config) ConfigSpherical (class in skelly_sim.skelly_config)

D

dt_init (skelly_sim.reader.StreamlinesRequest attribute) dt_initial (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) dt_max (skelly_sim.skelly_config.Params attribute)

dt_min (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) dt_write (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) dynamic_instability (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) DynamicInstability (class in skelly_sim.skelly_config)

E

EllipsoidalPeriphery (class in skelly_sim.skelly_config) envelope (skelly_sim.skelly_config.RevolutionPeriphery attribute)

eta (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) evaluator (skelly_sim.reader.Request attribute) external_force (skelly_sim.skelly_config.Body attribute)

F

f_catastrophe (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute) f_catastrophe_collision_scale (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute) Fiber (class in skelly_sim.skelly_config) fiber_error_tol (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) fibers (skelly_sim.skelly_config.Config attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigEllipsoidal attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigRevolution attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigSpherical attribute)

force (skelly_sim.skelly_config.Point attribute) force_scale (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute) frame_no (skelly_sim.reader.Request attribute)

G

gmres_tol (skelly_sim.skelly_config.Params attribute)

L

length (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute)

Listener (class in skelly_sim.reader) load_frame() (skelly_sim.reader.TrajectoryReader method)

M

min_length (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute)

min_separation (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute) minus_clamped (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute)

N

n_nodes (skelly_sim.skelly_config.Body attribute) (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute) (skelly_sim.skelly_config.EllipsoidalPeriphery attribute) (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute) (skelly_sim.skelly_config.RevolutionPeriphery attribute) (skelly_sim.skelly_config.SphericalPeriphery attribute)

n_nucleation_sites (skelly_sim.skelly_config.Body attribute) nucleation_rate (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute)

O

orientation (skelly_sim.skelly_config.Body attribute)

P

pair_evaluator (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) Params (class in skelly_sim.skelly_config) params (skelly_sim.skelly_config.Config attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigEllipsoidal attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigRevolution attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigSpherical attribute) parent_body (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute) periphery (skelly_sim.skelly_config.ConfigEllipsoidal attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigRevolution attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigSpherical attribute)

periphery_binding_flag (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) periphery_interaction_flag (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) plot_fibers() (skelly_sim.skelly_config.Config method) Point (class in skelly_sim.skelly_config) point_sources (skelly_sim.skelly_config.Config attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigEllipsoidal attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigRevolution attribute) (skelly_sim.skelly_config.ConfigSpherical attribute) position (skelly_sim.skelly_config.Body attribute) (skelly_sim.skelly_config.Point attribute) precompute_file (skelly_sim.skelly_config.Body attribute)

R

radius (skelly_sim.skelly_config.Body attribute) (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute) (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute) (skelly_sim.skelly_config.SphericalPeriphery attribute)

rel_err (skelly_sim.reader.StreamlinesRequest attribute) Request (class in skelly_sim.reader) request() (skelly_sim.reader.Listener method) RevolutionPeriphery (class in skelly_sim.skelly_config)

S

save() (skelly_sim.skelly_config.Config method) seed (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) shape (skelly_sim.skelly_config.Body attribute) (skelly_sim.skelly_config.EllipsoidalPeriphery attribute) (skelly_sim.skelly_config.RevolutionPeriphery attribute) (skelly_sim.skelly_config.SphericalPeriphery attribute)

SphericalPeriphery (class in skelly_sim.skelly_config) streamlines (skelly_sim.reader.Request attribute) StreamlinesRequest (class in skelly_sim.reader)

T

t_final (skelly_sim.reader.StreamlinesRequest attribute) (skelly_sim.skelly_config.Params attribute) time_to_live (skelly_sim.skelly_config.Point attribute)

times (skelly_sim.reader.TrajectoryReader attribute) torque (skelly_sim.skelly_config.Point attribute) TrajectoryReader (class in skelly_sim.reader)

V

v_grow_collision_scale (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute) v_growth (skelly_sim.skelly_config.DynamicInstability attribute)

velocity_field (skelly_sim.reader.Request attribute) VelocityFieldRequest (class in skelly_sim.reader) vortexlines (skelly_sim.reader.Request attribute)

X

x (skelly_sim.reader.VelocityFieldRequest attribute) (skelly_sim.skelly_config.Fiber attribute)

x0 (skelly_sim.reader.StreamlinesRequest attribute)